Here is a list of all namespace functions with links to the namespace documentation for each function:

- _ -

• _copyDoc() : jLM.RDME
• _coverRange() : jLM.ColorGen
• _downloadFile() : jLM.JupyterDisplay
• _goodName() : jLM.BaseTypes
• _hsvGen() : jLM.ColorGen
• _htmlExponent() : jLM.DisplayUtils
• _idxOrNone() : jLM.RDME
• _interpretColor() : jLM.ImageAnalysis
• _makeMaskPath() : jLM.ImageAnalysis
• _map() : jLM.units, pyLM.units
• _maxEntropySlice() : jLM.JupyterDisplay
• _maybeJupyter() : jLM.JupyterDisplay
• _num() : jLM.JupyterDisplay
• _numFmt() : jLM.JupyterDisplay
• _processImgToDisplay() : jLM.ImageAnalysis
• _renderId() : jLM.JupyterDisplay
• _rmTex() : jLM.Types
• _showBinaryLattices() : jLM.JupyterDisplay
• _showRegionStack() : jLM.JupyterDisplay
• _siteTypeImg() : jLM.JupyterDisplay
• _texHeader() : jLM.TexFmt

- a -

• addLacTwoStateSystem() : pySTDLM.StandardReactionSystems
• addMembraneTransporter() : pySTDLM.StandardReactions
• addMichaelisMenten() : pySTDLM.StandardReactions
• addMinDESystem() : pySTDLM.StandardReactionSystems
• addPassiveTransport() : pySTDLM.StandardReactions
• addPTSPathway() : pySTDLM.StandardReactionSystems
• addReversibleMichaelisMenten() : pySTDLM.StandardReactions
• alphaBlend() : jLM.ImageAnalysis
• angstrom() : jLM.units, pyLM.units

- b -

• buildDividingEColiCell() : pySTDLM.StandardCells
• buildEColiCell() : pySTDLM.StandardCells
• buildFilamentousEColiCell() : pySTDLM.StandardCells
• buildSphericalEColiCell() : pySTDLM.StandardCells

- c -

• closeLMFile() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• cm() : jLM.units, pyLM.units
• colorWheel() : jLM.DisplayUtils
• correct_overflows() : lm::rdme::mpdrdme_dev
• correct_overflows_mgpu() : lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev
• correct_overflowsEV() : lm::rdme::mpdrdme_dev
• create_simulation_with_sizes() : jLM.RDMEExtended
• createExpressionModel() : pySTDLM.StandardReactions

- d -

• day() : jLM.units, pyLM.units
• displayj2html() : jLM.Template

- e -

• estimateGPUMemory() : pySTDLM.CmdUtils

- g -

• getAvgVarTrace() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• getCompiledLatticeMaxOccupancy() : lm::rdme
• getHistogram() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• getNumTrajectories() : jLM.CMEPostProcessing
• getOccupancyKymograph() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• getPhaseSpace() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• getRate() : pySTDLM.SBMLReader
• getReactionString() : jLM.DisplayUtils, pyLM.ipyInterface
• getSpecies() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• getSpecieTrace() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• getTimesteps() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• getTrajectory() : jLM.CMEPostProcessing

- h -

• hr() : jLM.units, pyLM.units

- i -

• importSBMLModel() : pySTDLM.SBMLReader
• importSBMLModelL3V1() : pySTDLM.SBMLReader
• imshow() : jLM.ImageAnalysis

- j -

• j2render() : jLM.Template

- l -

• linkcode_resolve() : conf
• local_index() : lm::rdme, lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev
• local_to_global() : lm::rdme, lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev

- m -

• main() : doxy2swig
• makeSolver() : jLM.Solvers
• markup() : jLM.ImageAnalysis
• MGPU_precomp_reaction_kernel() : lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev
• MGPU_precomp_reaction_kernel_packing() : lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev
• MGPU_reaction_kernel() : lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev
• MGPU_x_kernel() : lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev
• MGPU_x_kernel_unpack() : lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev
• MGPU_y_kernel() : lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev
• MGPU_z_kernel() : lm::rdme::mgpuintmpdrdme_dev, lm::rdme::mgpumpdrdme_dev
• micron() : jLM.units, pyLM.units
• microsecond() : jLM.units, pyLM.units
• minute() : jLM.units, pyLM.units
• mm() : jLM.units, pyLM.units
• modelTables() : jLM.TexFmt
• mpd_x_kernel() : lm::rdme::intmpdrdme_dev, lm::rdme::mpdrdme_dev
• mpd_y_kernel() : lm::rdme::intmpdrdme_dev, lm::rdme::mpdrdme_dev
• mpd_z_kernel() : lm::rdme::intmpdrdme_dev, lm::rdme::mpdrdme_dev
• mpi_correct_overflows() : lm::rdme
• MPI_reaction_kernel() : lm::rdme
• MPI_x_kernel() : lm::rdme
• MPI_y_kernel() : lm::rdme
• MPI_z_kernel() : lm::rdme
• mplBoundaryPath() : jLM.ImageAnalysis
• ms() : jLM.units, pyLM.units
• my_open_read() : doxy2swig
• my_open_write() : doxy2swig

- n -

• nm() : jLM.units, pyLM.units
• ns() : jLM.units, pyLM.units
• numToStr() : jLM.DisplayUtils

- o -

• openLMFile() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing

- p -

• packFastGrowingEcoli() : pySTDLM.StandardCells
• packSlowGrowingEcoli() : pySTDLM.StandardCells
• parameterTable() : jLM.TexFmt
• peekFile() : pySTDLM.CmdUtils
• plotAvgVar() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• plotAvgVarFromFile() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• plotCMEDynamicReactionNetwork() : pySTDLM.NetworkVisualization
• plotCMEReactionNetwork() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.NetworkVisualization
• plotOccupancyKymograph() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• plotPhaseSpace() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• plotRDMEReactionNetwork() : pySTDLM.NetworkVisualization
• plotReactionNetwork() : pySTDLM.NetworkVisualization
• plotTrace() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• plotTraceFromFile() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• printCompiledOptions() : jLM

- r -

• reaction_kernel() : lm::rdme::intmpdrdme_dev, lm::rdme::mpdrdme_dev
• reactionTable() : jLM.TexFmt
• readSBMLtoCME() : pySTDLM.SBMLReader
• readSBMLtoRDME() : pySTDLM.SBMLReader
• readSBMLtoRegion() : pySTDLM.SBMLReader
• regionTable() : jLM.TexFmt

- s -

• sanitizeTex() : jLM.DisplayUtils
• sanity_check() : lm::rdme::mpdrdme_dev
• second() : jLM.units, pyLM.units
• setLMLogConsole() : jLM.LMLogger, pyLM.LMLogger
• setLMLogFile() : jLM.LMLogger, pyLM.LMLogger
• setLMLoggerLevel() : jLM.LMLogger, pyLM.LMLogger
• shift() : doxy2swig
• showAvgVar() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• showAvgVarFromFile() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• showOccupancyKymograph() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• showTrace() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• showTraceFromFile() : jLM.CMEPostProcessing, pySTDLM.PostProcessing
• showVolumeStack() : jLM.JupyterDisplay

- t -

• texfmt() : jLM.DisplayUtils
• texUnits() : jLM.DisplayUtils
• toHex() : jLM.DisplayUtils
• tqdm() : jLM.CME, pyLM.CME, pyLM.RDME

- u -

• unicodeUnits() : jLM.DisplayUtils

- v -

• visualizeRDMEInitialConditions() : pyLM.ipyInterface

- w -

• writeTable() : jLM.DisplayUtils, pyLM.ipyInterface

- x -

• xorwow_generate_kernel() : lm::rng
• xorwow_init_kernel() : lm::rng