Here is a list of all functions with links to the files they belong to:

- a -

• abortHandler() : runSimulation.cpp

- b -

• broadcastDiffusionModel() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp
• broadcastReactionModel() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp
• broadcastSimulationParameters() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp

- c -

• calculateMultiplierInExpression() : lm_sbml_import.cpp

- d -

• discoverEnvironment() : common.h, lm_python.cpp

- e -

• executeScript() : common.h, lm_python.cpp
• executeSimulation() : MainSA.cpp
• executeSimulationMPI() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp
• executeSimulationMPISingleMaster() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp
• executeSimulationMPISingleSlave() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp

- f -

• finalizePython() : common.h, lm_python.cpp

- g -

• get_h5_type_id() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< char >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< double >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< float >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< int >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< long >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< long double >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< long long >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< short >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< unsigned char >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< unsigned int >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< unsigned long >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< unsigned long long >() : ArbitraryH5.h
• get_h5_type_id< unsigned short >() : ArbitraryH5.h
• getFirstExpressionOfType() : lm_sbml_import.cpp
• getOperatorsUsedInExpression() : lm_sbml_import.cpp
• getPhysicalCpuCores() : common.cpp, common.h
• getSpeciesUsedInExpression() : lm_sbml_import.cpp

- i -

• importFirstOrderReaction() : lm_sbml_import.cpp
• importSBMLModel() : lm_sbml_import.cpp
• importSBMLModelL3V1() : lm_sbml_import.cpp
• importSBMLModelL3V1Kinetics() : lm_sbml_import.cpp
• importSecondOrderReaction() : lm_sbml_import.cpp
• importSecondOrderSelfReaction() : lm_sbml_import.cpp
• initPython() : common.h, lm_python.cpp
• isFirstOrderReaction() : lm_sbml_import.cpp
• isPower2() : Math.h
• isSecondOrderReaction() : lm_sbml_import.cpp
• isSecondOrderSelfReaction() : lm_sbml_import.cpp

- l -

• listDevices() : MainSA.cpp
• listDevicesMPI() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp
• log2() : Math.h

- m -

• main() : lm_python.cpp, lm_sbml_import.cpp, lm_setdm.cpp, lm_setp.cpp, lm_setrm.cpp, Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp, MainSA.cpp
• make_H5_lookup() : ArbitraryH5.h
• make_H5_meta() : ArbitraryH5.h
• mkwStr() : lm_python.cpp
• MPIErrorHandler() : lm_mpi.h

- p -

• parseArguments() : common.cpp, common.h, lm_python.cpp, lm_sbml_import.cpp, lm_setdm.cpp, lm_setp.cpp, lm_setrm.cpp
• parseIndices() : util.cpp, util.h
• parseIntListArg() : common.cpp, common.h
• parseIntReciprocalArg() : common.cpp, common.h
• parseRange() : util.cpp, util.h
• parseTimeArg() : common.cpp, common.h
• parseValues() : util.cpp, util.h
• popNextFinishedReplicate() : MainMPI.cpp, MainSA.cpp
• printBuildConfig() : util.cpp, util.h
• printCopyright() : common.h, util.cpp, util.h
• printUsage() : common.cpp, common.h, lm_python.cpp, lm_sbml_import.cpp, lm_setdm.cpp, lm_setp.cpp, lm_setrm.cpp
• PyInit__lm() : lm_python.cpp

- r -

• receiveDiffusionModel() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp
• receiveReactionModel() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp
• receiveSimulationParameters() : Main-MPMPD.cpp, MainMPI.cpp
• runReplicateNOW() : Main-MPMPD.cpp
• runSimulation() : runSimulation.cpp, runSimulation.h
• runSolver() : runSimulation.cpp, runSimulation.h

- s -

• startInterpreter() : common.h, lm_python.cpp
• startReplicate() : MainMPI.cpp, MainSA.cpp

- v -

• VMDPLUGIN_fini() : lmplugin.cpp, lmplugin_backup.cpp
• VMDPLUGIN_init() : lmplugin.cpp, lmplugin_backup.cpp
• VMDPLUGIN_register() : lmplugin.cpp, lmplugin_backup.cpp